財政部表示，農業用地變更為非農地，若細部計畫完成、取得建築執照後，再移轉時須課徵土地增值稅，而課徵土增稅則是從土地取得時前次移轉現值來計算土增稅。

財政部2000年針對土地稅法第39條之2進行修法，農業用地課徵土增稅自免稅改為不課徵，其差異在於前者無須申報課稅，後者須申報課稅但稅率為零。官員指出，只要土地為農業用地，且作為農業使用就不課徵土增稅，但若蓋廠房再移轉時，土地已非農地使用則需課徵土增稅。

官員說，民眾最易誤解的是「農業用地變更為非農業用地」部分，只要符合農業發展條例第38條之1的兩條件就不課徵土增稅，其一為「細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者」。其二則是已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市地重劃或區段徵收，於公告實施市地重劃或區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者。簡單來說，前者就是農業用地依法變更為都市計畫非農業用地，後者則是都市計畫行水區、河川區，雖為非農用地但土地也無法使用，就不用課徵土增稅。

官員舉例說，林先生於1991年6月25日取得大雅區A地號農業用地，嗣後該土地於1996年6月30日經都市計畫變更為住宅區，但都市計畫主管機關認定是屬於依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用，所以該地仍應作原來的農業使用。

而林先生在2016年1月30日將土地出售與王先生，同日檢附「農業發展條例第38條之1農業用地作農業使用證明書」，申報土地移轉現值，並申請依農業發展條例第38條之1及土地稅法第39條之2第4項規定，以2000年1月當期之公告土地現值為原地價不課徵土地增值稅。

但若該地實際在2000年1月28日當時已變更為住宅區，已非屬農業用地，日後該地完成細部計畫，可以依變更後計畫用途使用，王先生於再移轉時，應以1991年6月25日的申報移轉現值為原地價，計算漲價總數額，課徵土地增值稅。